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18/10/2021 - 11:42
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Circular No. 046

Manizales; 2021-04-21


PROFESIONALES ASISTENCIALES Y DE EPIDEMIOLOGÍA DE LAS INSTITUCIONES DE SALUD DEL DEPARTAMENTO DE CALDAS


Asunto: ESTRATEGIA DE VIGILANCIA GENÓMICA DE VARIANTES Y MUTACIONES DEL VIRUS SARS-COV-2 EN CALDAS


Ante la inminente llegada a nuestra región de nuevas y amenazantes variantes de
interés (VOC, del inglés variants of concern) del virus SARS-CoV-2 se hace imperiosa la
rápida implementación de estrategias de vigilancia genómica. El objetivo de esta
vigilancia es rastrear el tipo y frecuencia de mutaciones relacionadas con cambios en el
comportamiento del virus responsable de la pandemia por COVID-19. Las mutaciones
(inserciones, deleciones, sustituciones) presentes en los genomas de las diversas
variantes del virus SARS-CoV-2 pueden afectar la interacción entre el virus y las
células del hospedero modificando la transmisibilidad, virulencia o incidir en la
efectividad de las pruebas de diagnóstico clínico favoreciendo el reporte de falsos
negativos, limitando así la contención de su propagación entre la población.
Con base en el documento “Estrategia de Caracterización genómica SARS-CoV-2,
COLOMBIA”, divulgado por la Dirección de Investigación en Salud Pública del Instituto
Nacional de Salud, se exhorta a todas las UPGD (IPS y UI) del Departamento de Caldas,
la detección de casos que cumplan los siguientes criterios a remitir de las muestras
recolectadas de pacientes al Laboratorio de Salud Pública de Caldas.


CRITERIOS DE CAPTACIÓN DE MUESTRAS PARA SECUENCIACIÓN:
1. Vigilancia centinela de posibles ingresos internacionales y de zonas de circulación de
variantes de interés:
a. Pacientes con antecedentes de viaje a otros países que han reportado
circulación viral de variantes de interés: aplica para todos los pacientes con sospecha

de infección por SARS-CoV-2 (sintomáticos y
asintomáticos) que hayan ingresado del
exterior en el último mes a la toma de
muestra.
b. Pacientes con historial de contacto con viajeros procedentes de países que han
reportado circulación viral de variantes de interés: pacientes que sean contactos
estrechos del literal a.
2. Vigilancia de grupos especiales: el objetivo es establecer las variantes o linajes
asociados con brotes o conglomerados y/o diseminados entre poblaciones especiales;
en este grupo solo serán tenidas en cuenta para análisis en el Laboratorio de Salud
Pública las muestras de pacientes de edades extremas (menor de 15 años o mayor de
70) siempre y cuando cumplan algún otro criterio (vinculación con viaje internacional,
comportamiento clínico atípico, en el contexto de un brote inusual):
a. Fuerzas militares. Personal de cualquier rama castrense con sospecha de SARSCoV-2, tanto sintomáticos como asintomáticos.
b. Trabajadores de la salud. Todo el personal asistencial con sospecha de SARS-CoV2, tanto sintomáticos como asintomáticos, sin importar estado de vacunación.
c. Cadenas de transmisión con casos de interés en salud pública. Especialmente en
poblaciones de alto riesgo como los PPL y población migrante.
d. Pacientes con esquema de vacunación completo sospechosos de estar
infectados con SARS-CoV-2. Aplica para todo caso sospechoso de infección por
SARS-CoV-2 que ya haya recibido la segunda dosis y hayan pasado 15 días de su
última inmunización y que desarrolle síntomas luego de este periodo de tiempo,
especialmente aquellos casos graves de COVID-19.
3. Caracterización por severidad: el objetivo es establecer las variantes o linajes
asociados con el incremento de la virulencia del virus de acuerdo a la identificación de
casos clínicos con comportamiento atípico en la respuesta inmune, manifestaciones o
severidad de la enfermedad:
a. Mortalidad: casos en los que haya habido una rápida progresión y que la mortalidad
es considerada atípica en el contexto de las comorbilidades de los pacientes. Se deberá
indicar la remisión inmediata de la muestra diagnóstica del paciente al LSP y/o nueva
toma de muestra respiratoria en el momento del fallecimiento b. Reinfecciones: pacientes con sospecha de
reinfección, al presentar 2 resultados
positivos de RT-qPCR, separados por un
lapso de más de 90 días.
c. Críticamente enfermos: pacientes que presentan una manifestación severa de la
enfermedad y que no presentan comorbilidades o preexistencias que expliquen su
condición clínica; a criterio de los clínicos de UCI se puede tomar muestra y remitir al
Laboratorio de Salud Pública. Para los pacientes que ingresan a UCI y que ya presentan
prueba confirmatoria positiva por antígeno o PCR (procesada en la red de atención del
paciente) se recomienda una nueva toma de muestra en el momento de la intubación
orotraqueal para aumentar la sensibilidad de la prueba y la carga viral detectada
(aspiración orotraqueal o si es posible por lavado bronco-alveolar).
4. Caracterización por aumentos inusitados: el objetivo es monitorear el
comportamiento de los linajes o variantes predominantes entre la población cuando se
identifique un incremento de la línea base de circulación sin explicación aparente. Los
entes territoriales son los responsables de la captación de los casos como resultado de
una evaluación juiciosa de los indicadores epidemiológicos:
a. Solicitud de muestras de interés a laboratorios: las muestras designadas según el
ente territorial de pacientes positivos para SARS-CoV-2 por RT-qPCR, las cuales
deberán ser remitidas por los laboratorios de la red, solo serán recibidas aquellas
muestras positivas con valores Ct (umbral de detección) inferiores a 25 ciclos (alta carga
viral).
b. Nuevas muestras a criterio de los equipos de vigilancia: los casos de aumentos
inusitados, comportamientos anormales de la enfermedad que no hayan sido descritos
previamente son objeto de análisis de los equipos de vigilancia departamentales y
municipales y se puede solicitar el envío de muestras al Laboratorio de Salud Pública
para su posterior secuenciación.
Nota importante: si no es posible una toma de muestra nueva, pero se cumple con
alguno de los criterios enunciados, se puede enviar la PCR-RT positiva para SARSCoV-2 realizada al paciente siempre y cuando presente un Ct menor a 25 ciclos (alta carga viral), se debe adjuntar informe del proceso de secuenciación, especificando el número de ciclos de la contra muestra que se envíe.


ENTREGA DE MUESTRAS 

Las muestras de los pacientes que cumplan
estos criterios deben ser enviadas al Laboratorio
de Biología Molecular DSTC-Universidad de
Caldas; en la dirección Calle 49 #24-36. Entrada IPS universitaria de Caldas. El horario
de recepción de muestras de lunes a sábado de 8 am a 12 pm. Las muestras deben
estar debidamente embaladas, identificadas (nombre y número de identificación) y
conservar la cadena de frío. Además, debe contar con una copia de la ficha
epidemiológica 346 con la totalidad de sus campos diligenciados, ya que los
profesionales del laboratorio deben contar con la información de:
edad del paciente, antecedente de viaje (país, tiempo de estancia, fecha de llegada),
síntomas, comorbilidades, necesidad de hospitalización y manifestaciones. Así mismo,
debe notificarse del envío de muestra y adjuntar una copia de la historia clínica del
paciente a los correos laboratorio.covid19@ucaldas.edu.co y
covid19@saluddecaldas.gov.co
Si existen dudas sobre la entrega de muestras y los requisitos, pueden comunicarse al
teléfono celular 3217709802 o al correo electrónico: laboratorio.covid19@ucaldas.edu.co
EXCLUSIÓN DE RESPONSABILIDADES
Las muestras enviadas al Laboratorio de Salud Pública, serán analizadas, rotuladas,
empacadas y enviadas el Instituto Nacional de Salud con el fin de realizar estudios de
vigilancia y epidemiología en salud pública y no genera informes individuales de las
muestras recibidas. La información de los datos personales y sociodemográficos de los
pacientes serán tratados con toda la confidencialidad de los lineamientos nacionales
para el manejo de datos.
La información contenida es susceptible de modificarse según los cambios en los
lineamientos y recomendaciones del Instituto Nacional de Salud.

FIRMA ELECTRONICA
CARLOS IVAN HEREDIA FERREIRA
Director General

Elaboró:
Sebastián Hernández Botero -Asesor Científico Dirección Territorial de
Salud de Caldas Mónica Alexandra Díaz -Coordinadora Laboratorio de Salud Pública DTSC

Diego Andrés Ospina -Coordinador Laboratorio Biología Molecular Universidad de Caldas

Revisó:
Santiago Loaiza Betancurt -Profesional de Vigilancia Epidemiológica COVID19 DTSC

Lorena Gómez Giraldo -Subdirectora de Salud Pública DTSC

 

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